按照《公司法》和《湖南省融資性擔保公司管理暫行辦法》的規定，興婁擔保公司的內部組織機構嚴格按照《公司法》的有關規定設置。按現代企業制度的要求設“三會一層”（股東會、董事會、監事會、經管層）。公司由婁底市國資委依法依規履行出資人職責，實行董事會領導下的總經理負責制，目前設4個部門：綜合財務部、擔保業務部、風險控制部、監察審計部。